在土壤墒情好，播种深浅得当，气候正常时，多数苗田在惊蛰至清明前后可开始出苗。出苗10天左右，苗高达4～5厘米，有3～4片真叶时，结合除草进行间苗。每隔2～3厘米留一株，间去密挤苗、弱苗及病虫苗。苗高达10厘米左右时进行定苗，苗距10厘米左右留一苗，每667平方米留苗20000株左右即可，断行缺苗的地方，用间下的小苗补栽齐。一年生花椒苗高达60～80厘米时，即可出圃造林。
为了不浪费间下的幼苗，四川省汉源县群众，在间苗时，将生长过密的健壮苗剪去根尖，带土移栽于新作的畦内，并搭荫棚遮光保湿。经过移栽后的幼苗，前期生长缓慢，但后期生长加快，到苗木出圃时，苗木地径比原圃地未移栽的苗木平均粗0.3～4.2毫米，每株须根多8～21条，栽植成活率高出 28.6%，三年结实的株数比未移栽的多13.2%。
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