花椒种壳坚硬，含油脂多，不易透水，发芽较困难。为使花椒种子保持有一定的水分，不影响其发芽力，又不致因含水过多而发霉变质，还能促进其种皮内的内源发芽抑制剂及外壳的油脂自然降解，使播种后的花椒能整齐出苗，采收下的种子，如当年不播种，要放在通风干燥处摊晾，每天翻动几次，待种子阴干后，采取以下方法贮藏：
(1) 干藏 把晾干的种子装入麻袋，放在通风干燥处。也可把晾干的种子放入缸、罐中加盖，置于干燥、阴凉的室内即可，但不要密封。用这种方法保存的种子，播种前必须进行脱脂及催芽处理。
(2) 温藏
1) 牛烘饼贮藏法 将1份种子拌入3份鲜牛粪中，再加入少量草木灰，拌匀后捏成团，贴在背阴墙壁上或放在通风背阴处阴干堆积贮存。第二年春，取下适当喷水，使其回潮后，轻轻捣碎即可播放。此法贮藏的种子发芽率高。
2) 牛粪掺土埋藏法 在潮湿的牛烘内掺入1/4的细土搅匀后，再将种子放入拌匀，使每粒种子都粘成泥球状，然后在排水良好的地方挖深80厘米的土坑 (长、宽依种子量确定)，先在坑的中央竖立一束草把，坑底铺6厘米厚的粪土，将拌好的种子倒入坑内，直至和地面平为止; 再在种子上面盖草，填土呈垄状，以防雨水流进坑内。注意要让草束露出垄面。春播前再催芽处理。
3) 湿沙层积法 在背风向阳、排水良好的地方挖沟，沟深 80厘米，宽1米，长度按种子多少定。每隔2米左右竖一草把以利通风。或将1份种子与两份湿沙(含水40%～50%，用手能握成团) 充分拌匀后贮于地沟中，堆至沟沿16厘米左右，上覆纯湿沙与地面平，后稍加镇压，填土呈垄状。贮存期间要注意翻动种子，以防发霉。经湿沙贮藏的种子，已起到催芽作用，来年春天取出即可播种。
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