采种母树应选择结实多、向阳、丰产、品质优良的壮年树作母树。选用当年充分成熟，果实外皮紫红色，种以蓝黑色、饱满，无病虫害的作种子。采收后及时摊在芦席上晾晒，让种皮开裂，脱出种子，除去杂物。纯净种子每千克约6万粒。为了达到既不降低花椒商品价值，又不使种子失去发芽力的目的，也可采取摊放在露天的土地或芦席上曝晒，间隔1～2小时收集一次种子。但切忌在水泥地板上曝晒，以免灼伤种胚，降低种子的发芽率。
刚脱出的种子，温度较大，应及时摊放在干燥、通风的室内或棚下阴干，不能在阳光下曝晒，也不能堆集在潮湿的地方，以免引起种子发热或发霉，从而失去发芽力，有些群众育的花椒不出苗或很少出苗，就是所用种子丧失了发芽力的缘故。
鉴别种子是阴干还是晒干的，一般可采用以下方法：
①用眼观察，阴干的种子外皮较暗，不光滑; 晒干的种子外皮光滑。
②看种阜处，阴干的种子，种阜处组织疏松，似海绵似; 晒干的种子，因种内油脂外溢，种阜处干缩结痂。
③用锋利小刀切开种子观察，种仁白色，呈油浸状，粘在一起的是阴干的种子; 若种仁呈黄色或淡黄色，似粘非粘，不是炕过或晒过的种子，就是长期堆集在一起发热变质的种子。
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